曾今，世上存在着一个名为“帝国”的邪恶组织。少女八重住亚梓莎被帝国绑架，通过其“魔法少女改造计划”被改造成了魔法少女。然而，当亚梓莎真正成为魔法少女的那一刻，她体内的帝国洗脑程序被解除，开始与帝国展开对抗。她自称为“闪耀珍珠”，并亲手摧毁了帝国的统治。但帝国的“怪人化药剂”配方与洗脑技术已被泄露，全球各地因此接连爆发由帝国遗毒引发的事件。为应对这一危机，亚梓莎与她所信赖的研究人员携手，创立了“魔法少女机构”。她们深入解析亚梓莎的力量，最终开发出一套系统——只要具备潜力，任何人都能成为魔法少女。于是，魔法少女们开始在全球各地活跃，守护世界和平。而在这支由亚梓莎领导的分部中，也迎来了一位新的魔法少女。她的名字是——魔法少女温克尔托帕兹！